亦称实际保护。以一国的保护措施对某产品的生产过程的净增值所产生的影响，作为衡量保护措施对生产该产品的产业的保护程度的一种理论，是名义保护的对称。1955年由加拿大经济学家巴伯在其著作《加拿大的关税政策》中首次提出。其后许多从事国际经济研究的经济学家在这一领域进行了大量开创性研究，进一步完善了该理论。1970年12月，根据伦敦经济学院教授H.G.约翰逊的倡议，在关税与质易总协定秘书处和瑞士国际问题研究所的主持下，第一次有效保护理论国际研讨会在日内瓦召开，并出版了论文集《有效关税保护》。该理论以有效保护率衡量对被保护产业保护程度的高低。有效保护率是把各种保护措施可能给被保护的生产过程带来的价值增值的增加量作为自由贸易条件下增值的百分比。有效保护理论在考察保护措施对被保护产业的保护程度时，把着眼点放在对生产过程的增值上，考察包括关税在内的各种保护措施对被保护产业生产过程的增值所产生的影响，而不是放在对国内市场价格的影响上。有效保护理论认为，对进口产品征收税率相同的关税，并非意味着给予国内同类产品以相同的保护。对生产被保护产品所消耗的投入品课征关税等，保护措施会提高产出品的成本，减少产出品生产过程的增值，从而降低对产出品的保护。因此，考察保护措施的实际保护作用，应全面分析整个保护措施的结构。由于关税是主要的贸易保护措施，通常人们假设关税是唯一的保护措施，以有效关税保护率代替有效保护率。有效保护理论解释了各国普遍存在的关税税率随产品加工程度升级而逐渐提高的关税升级现象，指出：对投入品征收较产出品低的关税，则有效保护率大大高于产出品的关税税率。在乌拉圭回合的关税减让谈判中，各国普遍注意到要使关税真正降低，而不是提高各国的实际保护程度。由于关税的实际保护程度取决于投入品关税税率与产出品关税税率之间相互的结构关系，因此，有效保护理论又被称为关税结构理论。
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